Его история начинается с приобретения по приказу Петра I в Данциге у доктора медицины Готвальда обширной по тому времени коллекции минералов (1195 образцов), которая стала основой Минерального кабинета Кунсткамеры, созданного в 1716 году. Впоследствии коллекция была дополнена образцами с российских месторождений и с 1719 года выставлена для публики в Санкт-Петербурге в здании Кикиных палат.
Коллекция и научная деятельность музея развивались при активном участии Петра I и других членов императорской фамилии, ювелиров (семья Фаберже), купцов и аристократов, а также академиков П.С. Палласа, И.Г. Гмелина, М.В. Ломоносова (XVIII век), Н.И. Кокшарова, В.М. Севергина (XIX век), В.И. Вернадского, А.Е. Ферсмана, Д.С. Белянкина, В.С. Соболева (XX век) и многих других выдающихся ученых.
За три столетия музей вырос в крупнейшее в стране и одно из ведущих в мире научно-музейных учреждений. Здесь собрана одна из самых представительных в мире коллекций минералов — более 152 000 уникальных экспонатов, среди которых мировые эталоны минералов, исторические коллекции императорской эпохи, а также образцы, полученные в ходе многих научных исследований.
В честь юбилея с 28 сентября по 2 октября 2026 года музей провел научную конференцию, которая собрала ведущих специалистов в области минералогии, геологии, музейного дела и истории науки. Ее целью стало обсуждение актуальных достижений, вызовов и перспектив развития этих областей. По итогам конференции планируется издание спецвыпуска журнала «Новые данные о минералах».
Журнал «Разведка и охрана недр» поздравляет коллектив музея и всех, кто причастен причастен к его деятельности!